Для работы с ключами/сертификатами в java активно использую keytool: просто, понятно и "всегда под рукой".
Но иногда случается так, что на руках оказывается пара "закрытый ключ + сертификат", которую надо импортировать в jks:Certificate.cer
Private.key
Но keytool возможности импорта не даёт (http://itech-notes.blogspot.com/2013/02/keytool.html).
Для решения задачи есть достаточно удобный способ, основанный на возможности импорта хранилища в формате PKCS12.